贷款操作风险是信贷风险的主要风险，形成贷款操作风险的主要原因是未严格按农村信用社信贷操作程序进行贷款管理，在发放和管理贷款方面的操作技术性失误等。贷款操作风险产生的具体原因包括以下方面：
一贷款“三查”制度流于形式。有的信贷人员对借款人、保证人的资信状况、担保能力等缺乏深入的调查研究，不能准确的反映借保人的经济效益和信用程度。调查报告只是信贷人员坐在屋内根据贷户的一面之词而写来应付检查的。对借保人（单位）在别的信用社或其它金融机构有不良贷款的贷户仍然发放贷款；审查贷款时不严格，重形式轻内容，对不符合产业政策的项目仍然发放贷款等；贷后检查不及时，在实际工作许多因为信贷人员贷款催收不到位，造成了贷款超过了诉讼时效，贷户赖帐都无法起诉。由于贷款“三查”制度流于形式，导致贷款出现风险难以控制。
二缺乏科学的可行性分析和项目评估。无论经营哪一种业务，事先都必须进行可行性分析，预测其经营的后果及可产生的风险。特别是对固定资产贷款，除企业必须作出可行性分析的书面报告以外，信用社还应进行深入细致的贷款项目评估。如果信用社在审查贷款项目时，既无科学的可行性分析，也无项目评估。单凭决策者的主观经验决策贷款，就有可能产生经营风险。
三缺乏科学管理。贷款规模过大，贷款投向结构、期限结构不合理，贷款经营机制不健全，都是使信用社贷款发生风险，造成损失的原因。
四信息不灵。信用社任何一项经营决策，必须依靠及时、准确的信息，才能作出贷与不贷的决策。至于贷多贷少，期限长短，则要掌握企业的生产经营和财务资金方面的信息。如果信息不准、不灵敏、反馈不及时，往往导致贷款决策失误，发生风险损失。
五思想方法不正确，主观片面。在信用社经营中，部分信贷人员只看到好的、有利的方面，看不到差的、不利的方面，导致决策失误，产生风险。 六缺乏工作责任心。由于信贷人员工作责任心不强，疏忽大意，甚至放弃和滥用职责所造成的风险损失屡见不鲜。
防范贷款操作风险中应采取的措施
一加强人本管理。防范贷款操作风险最为首要的问题是加强人的管理。一是要选拔思想品德好、业务素质高，既能有效地开发市场和客户，又懂得采取一系列恰当措施规避各种风险因素的人员来管理贷款。二是要对现有信贷人员加强政治思想教育，增强责任心和事业感，坚决杜绝帮助客户弄虚作假伪造信贷资料的现象，避免道德风险；三是加强业务培训，提高信贷人员的业务素质和专业技能，增强识别虚假信息和掌控风险的能力，避免能力风险；四是使信贷人员熟练掌握所有的规章制度和管理办法，着力提高信贷操作行为，实现操作行为精细化，规范化。
二有明确而具体的贷款管理程序和操作规程。加强操作风险管理，让制度真正落实到位。进一步创新内部管理制度，提高员工执行规章制度的意识，让制度管人、约束人，用制度规避操作风险，使其不能为、不敢为，只有这样，才能有效地杜绝操作风险。要定期对要害岗位工作人员进行强制休假，坚决执行定期轮岗和岗位交流制度，做到问题早发现，风险早预防。建立和完善分层次、分行业、分种类的信贷管理规章制度和办法，明确各层面的信贷管理职责和权限，确保每一笔贷款从发放、使用到收回各个环节都有据可依，人人都按规定程序操作，最大限度地避免贷款发放、管理、使用中可能出现的随意性
三严格贷款审批管理，要充分发挥贷款审查委员会和贷款审批小组的作用，切实解决“一把手”说了算，“一手清”的问题，尤其是要切实加强对大额贷款的审批管理。
四建立贷款责任追究机制。加大对违规违纪案件的责任追究力度，确保信贷人员能够严格地按照信贷管理程序和信贷管理要求去发放和管理贷款，真正做到“包放、包收、包效益”。同时将信贷管理质量纳入对信贷人员的考核，与效益工资挂钩，充分调动了信贷管理人员的积极性。