当前我国农产品价格管理面临的问题，已不是放得不够，而是管理不够，政府职能“不到位”和“缺位”，管理观念及方式还没有切实转变；不是市场没有发挥作用，而是对发育不成熟的农产品市场的过分依赖，因不成熟农产品市场的信息不对称而导致周而往复地生产的盲目性及产品“卖难”。可以说，以“调放”为主的20年农产品价格单边改革已基本走到尽头，今后农产品价格改革应该有新思路、新办法。值此时刻，我国加入了世贸组织，世贸组织规则中对农产品价格管理又提出了新的要求。为尽量降低国外农产品冲击的负面影响，尽可能地保护农民利益，保持国内农产品市场基本稳定，促进我国农业结构调整和稳定发展，当务之急是要根据世贸组织《农业协定》中允许的政策空间，针对当前农产品价格运行中价格管理“不到位”、“缺位”和市场信息不对称等问题，以建立政府调控有力主要由市场形成价格机制为目标，尽快研究我国农产品价格管理的对策。比如，如何健全农产品价格监测分析及预警体系，提供优质的价格信息服务？如何完善农产品储备调控体系，发挥中央储备粮稳定国内粮食价格的作用？如何使用保障性条款，积极应对进口数量急增的“数量触发”和价格急剧下跌的“价格触发”等情况的发生？如何规范农产品流通企业的价格行为和农产品市场交易行为，解决农民市场谈判中的不利地位。其中一个最主要的问题，就是在价格和补贴方面如何调整现行的政策，用足用好8.5％及WTO允许的其它相关的条款。
按照《农业协定》以及中国货物贸易承诺和减让表中的规定，我国在以下四个方面做出了承诺：一是增加了农产品市场准入机会，将非关税措施全部关税化，农产品关税并不断削减，对一些重要农产品进口实行一段时间的关税配额制管理；二是承诺对农产品价格支持控制在减让基期农产品生产总值的8.5％以内（以综合支持量AMS衡量）；三是中国不得对农产品维持或采取任何出口补贴；四是在动植物检疫方面，放宽对美国西北七个州TCK病麦、柑橘等农产品的进口。 上述承诺会使今后国内外农产品市场的联系更加紧密，价格联动整合程度会进一步提高，国内外价格水平的一致性将使国内农产品面临较大的竞争压力。这主要由于：一是国外农产品具备固有资源优势。我国人多地少，生产规模小，相对来说农业劳动生产率低、生产成本高，而发达国家在生产率、资源、技术、市场营销管理和资金上都具有明显优势。二是发达国家对农业的支持水平仍将维持较高水平。《农业协定》虽然对削减国内支持和农产品出口作了规定，但由于发达国家减让基期的农业保护水平很高，削减后农业补贴金额仍较大。如美国AMS削减20％后，仍有每年191亿美元用于国内农产品价格支持，欧盟削减后的国内综合支持总量仍可达796 亿美元，日本削减后也还有283亿美元。而我国减让基期的综合支持总量为零，粮食等一些重要农产品的支持甚至为负数。三是出口补贴是增加产品出口竞争能力的重要手段，《农业协定》虽对其进行约束和消减，但由于部分成员有巨大的基数，削减后仍可使用大量的出口补贴。如美国减让后的每年出口补贴仍达近6亿美元，加拿大3.6亿美元，而我国今后对农产品将不再使用任何出口补贴。
近期的工作重点要集中利用8.5 ％的支持空间继续坚持完善粮食收购保护价制度，同时调整粮食保护价收购范围，重点支持北方小麦和南方大米生产，确保口粮安全，保护农民利益。要充分考虑国内外农产品供求及价格形势，合理制定粮食收购保护价水平。随着国家财力的增强，粮食收购保护价水平的确定应逐步按以下方式确定：收购保护价水平应当逐步按照国际农产品价格水平加上8.5％的国内支持量（AMS）的原则测算确定。同时，把改进对小麦、大米等粮食产销补贴方式，尽可能减少国内粮食市场人为扭曲，同时又保障农民收入。初步设想：国有粮食购销体制实行市场化运作，由具有经营资格的企业按照市场价格经营粮食。为保护农民利益，每年政府根据国内外粮食供求情况、生产成本、财政承受能力等因素确定粮食收购保护价（支持价格），同时通过市场监测计算各品种全国平均市场价格，从而确定差价补贴标准。当粮价过低时，农民可以持有售粮数量凭证（粮食必须售给有经营资格的企业），向当地基层财政部门领取差价补贴。为将差价补贴切实补到农民手中，主产区尤其是农业税收较多的地区，差价补贴可考虑直接抵减农业税。