要扼制乡镇达标升级和过度提取的冲动，就不仅要在精减乡镇机构，转变乡镇职能上做文章，而且需要在改造乡村关系上做文章。乡镇之所以可以超额提取，以至于中央有千种保护农民利益的政策，乡镇便有万种向农民提取的理由，系乡镇有村干部为自己的提取劳神费力，而村干部却很少能代表农民抵制乡镇不合理的提取。在村级组织不能代表农民抵制乡镇不合理行为时，农民的积怨无处可发，以群体性事件为结果的不稳定因素因此屡屡发生。
村民自治改造了村干部的责任结构，村干部首先要对村民负责，村民有要求村干部依照国家政策规定来保护自己利益的途径和前提，这样一来，村干部，正是这个过去协助乡镇过度提取经济资源的群体，要求乡镇在下达指令性任务时，说明指令性任务的政策和法律依据，从而将乡镇过度提取和达标升级的冲动釜底抽薪，长期困扰国家的农民负担过重问题因此得以解决。
村民自治制度是在1980年代来开始实行的，有人问，为什么正是在实行村民自治的1990年代，农民负担成为问题？道理很简单，即1990年代作为村民自治依据的《村组法》作为试行法，在全国实施不平衡，也缺乏强制性，是因为村民自治本身的不到位，造成了乡村关系的指导关系被实质上的上下级关系所替代，真正的村民自治并不存在。1998年《村组法》正式颁布实施后，农村的情况就大为不同，一方面是在《村组法》正式颁行后的村委会选举空前激烈，村干部对村民负责任的机制正在构造出来，另一方面，欠拖不决的乡镇机构改革及农村费改税在强大的压力下，终于受到全国的普遍关注，并因此成为从中央到地方的共识，正在全国各省市自治区轰轰烈烈展开。我们相信，随着村民自治制度的进一步落实，村干部的责任结构和乡村关系将被彻底改造，乡镇从计划经济体制中遗留下来的达标升级的冲动和支持这种冲动的向农民的过度提取能力，也会得到彻底改造，乡镇政府将作为为农民提供生产和生活秩序的政府而不是一个管理农民生产生活事项的企业来发挥作用，乡镇机构改革、乡镇政府职能转换也就水到渠成，自然而然。
简单地说，正是村民自治制度构造的村干部对村民负责任的制度，为村民提供了一个制度化的组织起来获取受中央政策和法律保护的利益的机制，这种机制可能构成国家与农民共同监督约束中间结构——以乡镇政府为典型的－－不良行为的局面。特别是在转型时期，国家没有对基层政权足够监督能力的背景下，构造与村民利益息息相关的制度结构－－即村民自治制度，实在是最为经济有效的办法。有了村民自治制度的保证，最近10年出现的国家屡次强调不能加重农民负担，事实上农民负担却一直在加重的奇怪现象，断难发生。
四、村民自治与制度化参与
构成当前农村社会稳定主要隐患的是可以用非制度化参与或抗议性参与或暴力参与来予以描述的那种带用一定激烈性的农民群体性行动，诸如群体上访、暴力抗争等等，严重的甚至出现打砸乡镇政府、围攻执法人员、烧毁公共财物等等。一般情况下，出现暴力式参与，表明农村社会的稳定已受到重大威胁，农村正常的行政秩序和生产生活秩序已难以保持的危险状态。普遍的暴力式参与，无疑会对国家整体的稳定构成严重威胁。 勿容讳言，当前农村非制度化参与十分普遍，尤以群体性上访为普遍，暴力式参与包括打砸乡镇政府的事件也屡现报端。之所以会出这些对农村稳定构成重大隐患的问题，大多是一些事关农民切身利益的问题长期得不到解决，农民的愤怒越积越多，最后走上了暴力抗议之路。而之所以会出现一些关系到农民切身利益的问题长期不能解决，根本原因是农民缺乏制度化参与政治，以制度化参与来解决关涉自身利益的渠道。
村民自治制度在两个方面对解决当前在一些地方普遍出现的非制度化参与有帮助。第一，村民自治制度本身就是一种民主参与制度，构造了村民将村内事务由民主参与的办法予以解决的机制。对于村务而言，通过村民会议和村民代表会议的决策和监督，可以纠正村干部不良行为，对于不负责任的村干部，既可以在下次选举中将他选下去，又可以通过召开村民会议将他罢免掉。对于政务而言，上不合国家政策，下不合村情民意的乡镇达标升级和过度提取的要求，不仅村民可以通过村干部向上级反映农民的意见，而且村民自治制度所构造的村干部责任结构也使得他们敢于抵制乡镇不合理的要求，他们有足够理由以村民利益代言人的身份，拿着国家相关政策规定，对乡镇讲，你们的这些决定不合国家政策，村民不答应，我们也无能为力。 第二，正是通过村民自治的实施，村民会逐步习惯于以制度化的办法来提出自己的要求，维护自己的权益，扩大自己的影响。持续的民主参与，对于村民养成通过制度化参与来维护自己权益的习惯，增强对制度化参与的信心，都具有十分重要的意义。一旦农民认为且习惯于通过制度渠道来保护自己的权益之后，他们自然会放弃暴力式参与。