龙头企业是农牧业产业化经营的载体和关键，起到开拓市场、技术创新、引导和组织基地生产与农牧户经营的重要作用。我区除七家自治区和1家国家级龙头企业外，几乎7个地（市、区）的龙头企业还处在萌芽阶段。各地（市、区）培育的龙头企业都不同程度地降低了标准，有的图有虚名。如那曲牧工商总公司负债率已超出的100％，企业正面临着破产；山南雅砻绿色畜禽发展有限公司为农发项目性企业，企业运作极不规范，产品竞争优势差，带动农户能力不强。等等。
根据“建设一批规模适度、起点高、科技含量较高、与主导产业和基础产业相适应的龙头企业”要求，我区农牧业产业化经营龙头企业的发展目标是：近斯自治区重点扶持5—8家有优势、有特色、有基础、有前景，带动农牧户能力强，能带动区域特色经济发展的骨干龙头企业；各地（币、区）重点扶持1—3家龙头企业。2010年，自治区级有竞争力的龙头企业力争发展至15家，农牧产业化初具规模。
二、西藏农牧产业化和龙头企业存在的主要问题
1、农畜产品加工企业规模小、没有特色产品支撑、附加值低
西藏农畜产品加工业远远落后于生产发展和市场的需求，拳头产品、精品少，深加工产品更是缺乏，农牧业生产链条长的优势和潜力尚未得到真正意义上的开发。我区农畜加工企业产值占农牧业总产值比重十分微小，而加工的大部分产品限于初级加工水平，精深加工很少。以肉类加工为例，发达国家经过深加工的冈类占总肉类的30％以上。而我区绝大多数肉类末经任何加工直接上市。农畜产品原料质量缺乏科学的分类和级别标准，产品无档次，形成不了特色产品。
2、龙头企业运转资金困难，带动农牧户能力不足
目前，西藏涉农企业大多为小型、微型和家庭作坊式企业，利润薄，自身积累缓慢，投资风险顾虑多。而已建立起的一些龙头企业因受债务沉重、机制不完善及市场波动等问题的困扰，在农牧产业经营中举步维艰，有的已濒临倒闭的边缘，因而龙头带动作十分有限。由于一部份企业信贷资严质量差，不良货款比例高，经营管理混乱等因素，造成了目前企业金融风险大，银行信用度不高，借贷能力差等致命问题。
3、地区间农牧产业缺少合作、没有专业市场相适应
除自治区规定外，各地区基本没有较为显著的优惠政策，各地（市、区）缺乏带动性的专业批发市场，形不成规模营销优势，难以承受市场风浪的冲击。我区农牧业产业化经营处在摸索阶段，培育龙头企业优惠政策不配套。
农业产业化经营和龙头企业管理是一项系统工作，我区部门间协调和管理力度不够。可以借鉴山南等地任务分解功能，更好地界定地区农牧区、农发办、乡企局、林业局、经贸部门、外贸部门、计委、财税金融部门、科技部门、工商等职能单位具体牵头、协作的工作。
各地（市、区）间合作基本没有开展，地区与地区之间的龙头企业、农收户仅是一种简单松散的买卖关系，地方政府、企业、农牧户三者间没有形成利益共同体，也没有形成产加销一体化经营，更谈不上西藏特色资源共享。
4、龙头企业经营和管理体制不顺
宏观来看，我区没有统一的龙头企业管理机构，多头管理，目行其事，也没有形成较统一的规划，使得企业的发展出现无序运作现象。
微观来讲，多数农畜产品加工体制较为落后，虽然在拉萨、山南、那曲等地少数企业先后或正向股份制企业迈进，但多数企业改制条件并不成熟。也有如日喀则等地区没有一家企业进行改制。
5、营销手段落后，市场份额小、市场占有率水平低
西藏企业营销队伍规模太小、基不没有营销倍训（包括上岗前的初级培训和轮训）、营销的职能管理几乎是空白、营销的基础工作薄弱。相当数目企业除在当地外，没有在区内其他城镇外设立营销场所或机构。农畜产品加工企业普遍对严品品牌意识谈漠，商标注册和产品包装装璜、广告宣传工作严重滞后。今后，完善营销管理，搞好高原绿色食品统一标识、统一包装、形成具有西藏地方特色食品生产加工体系，增强创汇能力工作迫的眉睫。