3．2．2．1备件管理组织结构不合理
目前上海地铁的备件管理组织结构是一种职能制结构，即将组织按照职能的不同分成若干个部门，其实质是一种包含很多层次的金字塔结构，实行纵向管理，从下到上是信息传递，从上到下是决策输送。组长或主管又只对主任负责，其优点是每个人明确自己的职责，专业化分工使得员工能够发挥业技能。但是，其局限性表现在：
(1)同一性质的业务由不同部门管理，部门之间分工重叠。
(2)由于各部门员工被严格地定位，工作时一般只与本部门员工或主管接触，相对独立，缺广泛而有效的沟通和联系。
(3)由于分工过于专业化，各主管、主任等各级管理者和工程技术人员长期从事某种专门业务的管理工作和技术工作，知识面狭窄，不利于人才，尤其是高级管理人才和专业技术人员的培养。
(4)层次众多的垂直式金字塔组织结构，严重妨碍了信息和决策传递的准确性和时效性，加上高度集权的决策权力，最终影响决策的准确性和时效性。
3．2．2．2需求分析判断不准
客观上设备状态、备件磨损呈随机型、发散型，难以把握；同时设备员工的水平也参差不齐，对设备状态的分析不同，使需求判断不同；在制订备件需求计划时，对设备劣化程度、备件寿命周期、订购周期等技术因素的掌握及应用程度均不同，仅靠员工技能、素质、责任心、经验等，缺乏有力的技术支撑。
3．2．2．3备件管理人员素质仍有待提高
目前备件管理每个成员都负责各自的工作，这样容易产生高效率，管理也比较简单，但当工作涉及多个部门时，部门或人员之间的协调就非常重要。随着前所未有的新产品的大量涌现，使备件管理工作的重要性和速度都大大提高，对管理人员的要求也在大大提高，即：要求备件管理人员从目前单一任务的角色转换成综合功能的角色，能使备件管理长期地与公司策略相一致；并成为一个国际化的角色，对国际贸易和各种相关法规都熟悉和掌握，对运输、海关等涉及供应速度的规定都能通晓；成为一个能负责备件成本的角色，懂得在一个备件的寿命周期中如何进行有效的管理使成本最低；成为一个能综合相关因素快速做出决策的角色、能对各种供应的风险做出判断和对策的角色。
3．2．2．4基础管理工作存在薄弱环节
(1)没有准确的备件基本寿命数据
(2)备件管理号编制混乱
3．2．3设备维修管理存在差距的原因分析
上海地铁的设备维修管理模式基本上是向国铁及国内外相关城市地铁管理企业学习。十多年之后，我们发现，尽管我们在设备维修管理上有进步，但两者之间的差距仍在进一步的扩大。上海地铁的差距主要原因有以下几个方面：
3．2．3．1管理方式和维修方式相对滞后
上海地铁运营十多年来，引进并推行的维修方式主要是计划预防维修方式，并结合自身实际情况，从2000年开始意识到要向状态维修过渡，之后才逐步推出状态维修管理方式。由于维修方式的落后，导致了目前我们维修管理手段的滞后，我们的管理手段基本处于八十年代初期的水平。
3．2．3．2基础管理的薄弱
上海地铁运营以来，在设备维修管理的指导思想上重在现场设备状态的安全稳定、能及时处理或排除设备问题，但由于管理模式变动频繁，对基础管理工作重视不够、以及前几年维修成本意识较差，居高不下的维修成本掩盖了基础管理薄弱的若干问题。
3．2．3．3检修委外缺乏竞争机制、检修效率低下
因为上海地铁的主要专业设备都引进自国外并集中在若干大的专业厂商，如车辆系统是AEG、Adtranze、Alstom，通信系统是SIMENSE，消防报警系统是Simplex。这些设备开放性不强，技术相对垄断，自身对这些设备的核心技术掌握不够，设备维修时还是必须与原生产厂商合作，依赖其技术服务。
3．2．3．4管理手段和综合维修管理水平落后
目前上海地铁开发实施的EAM设备管理系统，是一套设计比较完善的综合性的计算机管理系统，这套系统目前还存在许多的缺点和不足，还处在逐步完善的过程当中，还需要不断地去维护。而香港地铁企业早在10年前，计算机系统就已经成熟地应用于设备维修管理领域了。