（一）审计意见没有明确提及持续经营不确定性
笔者在收集2001-2004年期间我国上市公司审计报告资料过程中发现，上市公司的审计报告存在的问题是：通过审计意见表述，可以发现存在对被审计公司持续经营能力产生重大疑虑的事项或情况，注册会计师对事项作了说明，说明的理由完全符合《准则》规定的范围之内，但却没有明确提及持续经营存在不确定性，也未指明被审计公司是否对此进行披露。2001-2004年期间共有21份这样的审计报告，几乎包含了所有的意见类型，如带强调说明段的无保留意见、保留意见、带强调说明段的保留意见，同时还发现一例带强调事项段的无法表示意见。
意见的理由也非常充分，可以归纳为：（1）子公司正常经营业务停顿；（2）因巨额担保涉及诉讼引发的或有负债；（3）巨额逾期借款，且未办理展期手续；（4）连续三年亏损，遭受退市警告，股权置换；（5）资不抵债；（6）累计经营性亏损数额巨大、严重资不抵债，现金流量严重不足、无力偿还到期债务，存在因对外巨额担保等或有事项引发的或有负债；（7）主营业务萎缩，现金流量不足；（8）营运资金出现负数；（9）母公司长期占用巨额资金；（10）应收关联方欠款；（11）经营活动停顿。
如果注册会计师未对被审计单位按照持续经营假设编制会计报表的合理性做出评价，甚至连“持续经营”的字眼都没出现。笔者认为这是没有尽到注册会计师审计责任的表现。
（二）强调事项段的运用不符合要求
大多数注册会计师在无保留意见段之后增加强调事项段提及持续经营问题，但是笔者发现无论用修订前或修订后的《准则》衡量，有相当一部分带强调事项段的运用是不符合要求的。根据《准则》规定，强调事项段的表述应包括：（1）导致对持续经营能力产生重大疑虑的主要事项或情况以及持续经营能力存在重大不确定性的事实，以表述注册会计师的职业判断；（2）被审计单位在会计报表中进行了适当披露，这才能构成出具带强调事项段无保留意见的理由；（3）不应使用附加条件的措辞。这三要点缺一不可，但经过分析，笔者发现部分审计报告在这几方面做得却差强人意。
一是理由不充分，判断不明确。一些审计报告对上市公司存在的问题避重就轻或没有充分披露影响持续经营能力的重要事项；有的披露了部分重要事项或情况，而对其他重要事项或情况只字不提，给会计报表使用人提供的信息不完整。一些审计报告在强调事项段中没有对上市公司持续经营假设的合理性作出实质性判断，只是提及上市公司认为可以保证持续经营。
二是存在带有附加条件措辞的强调事项段。一些审计报告在强调事项段中使用了附加条件的措辞，例如，某带强调事项段的审计报告为：“……若未来上述担保事项无法妥善解决，往来占款不能及时收回，贵公司的持续经营能力将存在重大的不确定性。”还可以经常看到这样的措辞“除非能够获取财务支持，否则公司的持续能力存在重大不确定性”。这种假设对审计报告使用者没有任何意义。任何一家公司如果不采取有效的措施，持续经营都不能进行下去。而这样做的结果，只能使注册会计师对持续经营假设的合理性的判断变得模糊，使审计报告使用者更加疑虑，违背了对持续经营假设合理性评价的初衷。
（三）对管理当局相关披露的表述
根据《准则》的规定，被审计管理当局是否在会计报表中适当披露对自身持续经营能力产生重大疑虑的事项或情况成为注册会计师出具保留意见还是带强调事项段的无保留意见的分界点。其中有两点是要求注册会计师重点关注并作出明确表述的，一是被审计单位管理当局是否作了披露；二是所作的披露是否符合准则要求。
对于前一点的关注尤为重要，因为这将涉及审计意见类型的选择。如果被审计单位在会计报表中进行了适当披露，注册会计师应出具带强调事项段的无保留意见的审计报告；如果未作适当披露，则应出具保留意见或否定意见的审计报告，并在意见段之前的说明段中描述导致对持续经营能力产生重大疑虑的主要事项或情况以及持续经营能力存在重大不确定性的事实，同时指明被审计单位未在会计报表中进行适当披露。