三是审查资金管理。首先要审查各级财政和其他征收机关预算收入缴库方式、程序是否合规，收入是否按规定管理。有无擅自动用预算外专项资金平衡预算或搞有偿使用的问题，有无违规进入过渡户，截留、挪用收入等违规违纪情况。其次要监督预算外资金支出的真实性、合法性。有无不按程序支付；或本单位随意支出、营私舞弊等问题。
四是审查预算外收支计划编制。重点检查财政部门是否建立健全预算外资金收支计划管理制度；部门和单位是否按规定编制预算外资金收支计划；在编制支出计划时是否以收入为基础，有无收支脱节、少收多支或套取资金的问题。
五是审查预算外资金决算编制。重点检查部门和单位是否按照财政部门的规定，编制会计决算；会计决算是否符合财务会计制度规定，内容是否完整，数字是否准确，报送是否及时；是否存在少报或代编等问题。
三、预算外资金审计的方法审计机关应按职能分工，在具体操作中采取“五查五看”的方法进行审计。
一是审查收费文件及收费许可证。查看预算外资金收费项目、标准、范围是否依照国家有关法律、法规的规定。审查有无擅自扩大收费范围，提高收费标准、甚至自立收费项目的乱收费行为。
二是审查收费票据。查看是否使用财政部门统一印制的收费票据，已使用过的票据是否完整无缺，有无将收入不记账或收多记少，以及私分、借支公款等问题。
三是审查收入明细账。查看预算外收入来源是否正确、合规。有无乱拉赞助、乱摊派；有无将应税营业收入与免税收入混合核算而偷漏税金的行为。
四是审查银行账户。查看预算外资金是否及时足额上缴同级财政专户，实行收支两条线管理。有无自立银行账户、公款私存或几家银行同时开设账户逃避监督的行为。
五是审查支出原始凭证。查看预算外资金是否按规定的用途使用。有无用预算外资金从事房地产买卖、参与金融拆借、兴办经济实体等风险性、商业性投资的问题。