一、基本情况及存在的主要
在计算机软件纠纷案件审理中，权利人已经强烈地感受到，由于立法的目的原因，在有些情况下，使用《著作权法》和《计算机软件保护条例》对计算机软件保护，受其调整范围的限制，对权利人的保护显得有些不够充分，业界的人们纷纷开始寻求和选择更好的法律保护方式。近几年，在一些诉讼案件中，权利人比较多地使用了商业秘密的保护方式，以求最大限度地保护自己的计算机软件产品。这无疑是权利人法律保护意识增强的体现。但是，在调查中我们发现，如何利用商业秘密实现其保护，在审判实践中仍然反映出很多问题。具体表现为：（一）对计算机软件商业秘密的思想认识不够到位； （二）对计算机软件商业秘密的法律界定的原则和标准不清晰；（三）对计算机软件商业秘密的保护措施不够得力；（四）诉讼证据不够到位，诉讼的多，胜诉的少，诉讼成本高。
（一）对计算机软件商业秘密的认识不够到位
1对计算机软件的特征、技术特征及风险特征认识不足。以计算机技术为龙头的经济，软件产业是计算机产业中的重中之重。计算机软件产品具有以下明显的特征：（1）经济特征：计算机软件产品具有高投入，高回报，开发周期短，更新速度快的特征；（2）技术特征：计算机软件具有知识密集，竞争力极强的高产品，是拉动计算机和通信业等产业的龙头产品。（3）风险性特征：计算机软件的脆弱性。一是，表现为软件易复制性、易传播性。被他人复制传播的手段、传播的时空，无法控制。二是，表现为计算机软件的开发对人的依赖性。无论发生那种情况，软件开发前期的投入，瞬间就可能变成泡影，化为乌有，可能使多年经营的毁于一旦。
2对商业秘密与企业的关系认识不足。随着市场经济的建立与发展，企业在市场经济中面临的竞争越来越激烈，商业秘密成了企业生存发展的秘密武器，企业在市场经济中日渐显示出其特殊的竞争地位，企业商业秘密一旦受到侵犯，轻者使企业丧失竞争优势，重则危及企业的生存。正是由于计算机软件产品有如上所述的经济、技术和风险等特征，使它迅速地变成为市场激烈竞争的对象。重视企业的商业秘密的保护，是提高企业竞争能力所需，是市场经济发展所迫。
3对现有法律的保护的方式认识的还不够充分。，我国对计算机软件的保护，主要是依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》两个法律调整。由于立法的目的和调整对象的限制，它的调整范围只能以计算机软件作品的表现形式为限，尚不能完全实现对计算机软件深层次的保护，而且保护的力度也受到法律的限制。从法院受理的大量的计算机软件侵权纠纷案件明显地反映出，侵权纠纷已经不是停留在对软件的简单拷贝、抄袭上，而是已经更多地涉及到软件开发中更深层次的问题，即软件的核心技术问题，已经超出了上述法律和条例的保护范围。
4对计算机软件使用商业秘密保护缺乏理论研究和实践经验。由于在理论上缺乏研究和在实践上又缺乏经验，在发生纠纷诉讼到法院后，软件权利人竟不知道如何说明和证明自己的软件的商业秘密所在，举证艰难，且诉讼成本很高。在有些案件中，由于软件的权利人举证不能或不利而无情地承担了败诉的法律后果。