与最惠国待遇原则一样，适用国民待遇原则同样存在着各种例外。
1．最惠国待遇原则在货物贸易领域的例外和实行例外的条件
关贸总协定对国民待遇原则作了例外规定，集中体现在第20条“一般例外”条款中。例如，成员方可依据该条款的规定，为维护公共道德和保障人民或动植物的生命或健康，对进口产品实施有别于本国产品的待遇。又如，在国内原料的价格被压低到低于国际价格水平时，作为政府稳定计划的一部分的期间，为了保证国内加工工业对这些原料的基本需要，有必要采取限制这些原料出口的措施。
此外，在世贸组织其它多边货物协议中也规定了国民待遇例外，如《补贴与反补贴措施协定》规定，从WTO协定生效之日起的5年内，允许发展中国家成员对使用国内产品进行补贴；对于最不发达国家成员这一期限可延至8年。
2．国民待遇在服务贸易领域的例外和执行例外的条件
服务贸易总协定将国民待遇作为成员方经谈判而承担的具体义务，而不是必须遵守的一般义务，这一规定与总协定的其他原则规定是有区别的，成员方谈判承担义务时可在承诺表中列出不按照国民待遇的安排，包括那些有关服务提供者或服务产品的条件、标准或许可等。此外，它还规定了不少例外，如一般例外和安全例外等
3．国民待遇在与贸易有关的知识产权领域的例外和执行例外的条件
《与贸易有关的知识产权协定》也规定了不少例外，如有关保护知识产权方面的《巴黎公约》、《伯尔尼公约》、《罗马公约》以及《有关集成电路知识产权条约》中的各自有关国民待遇例外的规定均构成该协议的例外。此外，还包括司法和行政程序方面的例外，如对服务地点的指定，对代理人的规定等。
4．国民待遇在与贸易有关的投资措施领域的例外和执行例外的条件
《与贸易有关的投资措施协定》关于国民待遇例外的规定的范围更广，它不仅规定所有例外规定都适用于该协议的各项规定，而且规定发展中国家成员可以暂时自由地背离适用国民待遇原则和数量限制规定，即发展中国家成员和最不发达国家成员的这一期限分别为5年和7年。
（四）国民待遇原则的精髓
最惠国待遇和国民待遇是关贸总协定的核心原则,也同样是世贸组织最主要的原则。相对而言,最惠国待遇原则较易于理解与操作,而国民待遇原则无论在理解上还是操作上,都不是易事。然而,对国民待遇原则的准确理解与熟练运用,对于维护一国的经济利益具有极为重大的意义。
国民待遇与最惠国待遇相比,既具有共性又有区别。其共性体现在两者都建立在非歧视原则的基础上,且为了共同的目标,即为了减少或消除贸易障碍,实现国际贸易自由化。两者的区别在于其肩负的使命不同,国民待遇原则的使命是保证成员国进口的外国商品与本国商品、外国的服务和服务提供者与本国的服务和服务提供者、外国国民的知识产权保护与本国国民的知识产权保护享有平等的待遇,即保证内、外国间的待遇平等;而最惠国待遇原则的使命则是保证一成员给予所有其他成员完全相同的上述待遇,即保证外国间的待遇平等。
简单地说,最惠国待遇原则要求一国给予Ａ国的企业与产品的待遇,也必须同样地给予Ｂ国,即实现“外外平等”。对比之下,国民待遇原则要求一国给予本国产品或企业的待遇,也须同样适用于本国境内的外国企业与产品,即实现“内外平等”。
国民待遇概念的实质可以通过以下两个关系来理解。第一,国民待遇原则与相互主义的关系。国民待遇是向外国的企业、产品、人提供与本国的企业、产品、人完全相同的待遇。同样,只要Ａ国政府对本国的企业、产品、人等没有提供某项待遇,那么即使Ｂ国政府向Ａ国的企业、产品、人提供了这项待遇,也不产生Ａ国政府向Ｂ国提供该项待遇的义务。因此,国民待遇提倡的是“机会的平等”,而不是“结果的平等”。相互主义则要求“结果的平等”。从关贸总协定导言中的“reciprocal and mutually advantageous”一语看,总协定确实存在着类似于相互主义的概念,这与关贸总协定的对象主要是工业制品有关。关贸总协定的出发点是通过降低易于关税化的工业制品的关税来促进自由贸易,而相互主义的手法较能促进关税的减让谈判,这就是关贸总协定中的相互主义的概念,它并非是那种僵硬的相互主义,而更接近一种互惠、互让的精神。第二,国民待遇原则与“自由化”的关系。关贸总协定的宗旨是促进贸易自由化,但在原来的关贸总协定中,并未出现过“自由化”一词,理由很简单。因为在关贸总协定的框架下,一国是否推行贸易自由化, 衡量的标准即是国民待遇原则。就是说,只要一国将赋予本国的企业、产品、人的待遇非歧视性地赋予外国的企业、产品、人,即被认为遵守了自由贸易原则、实施了“自由化”政策。在原来的关贸总协定中,国民待遇原则与“自由化”即是同义词,所以没有必要特意再加进该词。