ＷＴＯ体制的最惠国待遇原则不同于双边贸易条约中规定的最惠国待遇条款。首先它确认的是一种无条件的最惠国待遇,即确保ＷＴＯ的一方成员给另一方成员的任何贸易优惠都立即无条件地提供给予所有其他成员,从而使最惠国待遇多边化;其次,ＷＴＯ的所有成员在国际贸易的各个方面享有的是同等的待遇,确保了所有成员在同一水平上进行公平的贸易竞争;第三,它扩展适用于服务贸易和与贸易有关的知识产权等方面。ＷＴＯ体制的最惠国待遇原则规定于ＧＡＴＴ文本的第1条中,其中表述“……每一成员对来自或运往其他国家的产品所给予的利益、优待、特权或豁免,应当立即无条件地给予来自或运往其他成员的相同产品”。所谓“利益、优待、特权或豁免”是指ＷＴＯ的成员在出口商品的供应或进口商品的市场准入方面提供有利的条件。
（二） 最惠国待遇原则的适用
1．GATT1994关于最惠国待遇原则的适用
根据ＧＡＴＴ文本第1条和第3条的有关规定,各成员在以下范围内适用最惠国待遇:(1)在对输出或输入、有关输出或输入及输出入货物的国际支付转帐所征收的关税和费用方面;(2)在征收上述关税和费用的方法方面;(3)在输出或输入的规章手续方面;(4)在直接或间接征收的国内税或其他费用方面;(5)在关于产品的国内销售、推销、购买、运输、分配或使用的全部法令、条例的规定方面。从这一适用范围看,显然比双边经贸条约中最惠国待遇条款的适用范围少。但ＷＴＯ体制的最惠国待遇的适用范围却由原定范围扩大适用到服务贸易、与贸易有关的知识产权方面和与贸易有关的投资措施方面。
2．服务贸易总协定关于最惠国待遇原则的适用
服务贸易总协定第2条第1款规定，有关本协议的任何措施方面，每一成员给于任何其他成员的服务和服务提供者的待遇，应立即和无条件地不低于它给于任何其他成员相同服务与服务提供者的待遇。服务贸易总协定最惠国待遇与GATT1994及其多边货物贸易协定最惠国待遇的区别是：前者不仅适用于服务产品而且使用与服务产品的提供者，而后者只适用于来源于其他成员方产品而不是用于产品的提供者。
3．与贸易有关的知识产权协定关于最惠国待遇原则的适用
与贸易有关的知识产权协定中关于最惠国待遇的规定体现于第4条，即在知识产权保护方面，任何成员对另一成员国民所给鱼的优惠、特权和豁免，应无条件地给与其他成员的国民。
4．与贸易有关的投资措施协定关于最惠国待遇原则的适用
与贸易有关的投资措施协定规定，为了实现GATT第3条及第11条规定的目标，任何成员都不得维持或采取歧视进口产品的投资措施，也不得维持或采取限制产品进出口数量的投资措施。
显然,以上货物买卖5个方面及服务贸易、知识产权,我国各地区对外资外企的待遇方面是有差别的,特别是在税收及其他费用方面,在对外商投资的市场准入及经营要求和措施方面,如当地股权要求、许可证要求、制造要求、国内销售要求、当地成份要求、贸易平衡要求、出口实绩要求、进口替代要求等,在服务贸易和知识产权行政执法、司法保护③方面,我国部分地区并不适用最惠国待遇,而且地区间的差别也比较大。
（三）最惠国待遇原则适用的例外
尽管WTO体制规定了一成员必须主动给与其他成员无条件的多边最惠国待遇，但允许在特定情况下可以背离最惠国待遇原则。因此，掌握各种里外是我们运用最惠国待遇的重要前提。
1．最惠国待遇原则在货物贸易领域的例外和实行例外的条件
关贸总协定第1条第2、3、4款规定了关于最惠国待遇的例外和实行里外的条件：
（1）关贸总协定规定的一成员为保障、植物及人民的生命、健康、安全或一些特定目的对进出口采取的所有措施
（2）国家安全的例外。当一国的国家安全受到威胁时，可以不履行最惠国待遇的义务。
（3）特定成员方之间不适用。其条件是：①两个缔约方间没有进行关税谈判；②缔约方的任何一方在另一方成为缔约方时不同意对它实施本协定或本协定的第二条所规定的优惠。第35条第2款还规定，经任何缔约方提出请求，缔约方全体可以检查在特定情况下本条规定的执行情况，并提出适当建议。例如，建议两个成员方进行关税减让谈判，达成协定实行后实行最惠国待遇。