诚之先生因参编《古史辨》第七册，后人也有误派他为“疑古派”的。先生与顾氏出发点最大的不同，是一心旨在“建设”。入至近世，编著新式通史，吕先生是当之无愧的先驱者和开拓者。他不仅留下了两部通史，四部断代史实际也是先生计划中的大通史工程的一部份。先生自云，他是以“理乱兴亡”和“典章制度”两个板块构成他通史的大框架。两者相较，史家共识，先生在“典章制度”方面所留给我们的财富最堪珍贵。今之讲史、治史者仍时时翻阅，受惠不已。这固然是潜心积累、锲而不舍所得慧果，但决非只是抄书。治史者都有体会，制度研究，特别是贯通古今、涉及全方位的制度渊源沿革，从细琐繁复、茫无头绪的材料中梳理出线索脉络，没有分析综合、比较鉴别的功力，决难摸到边际。先生于著作中常透出一些精彩议论，知道他实得益于对社会学、人类学等新知识的吸收，社会经济、社会组织、社会生活都进入了他的中国通史，实为中国社会史研究的先驱。先生治史独立特行，不屑追逐时势。例如他一方面颇推重今文经学“三世说”，怀抱“大同世界”的理想；一方面又认同法家的“督责之术”，以为可以有用于节制资本与权力之无限。在《先秦史》的结论一节，特别说到老子“邦治之世”、孔子“大同理想”，从其追求的人类境界有“不可移易”的道理，但“徒存其愿，而不知其所由至之途”，实在是“说食而不能获饱”，坠入空想，所以研究考察社会制度变迁所须条件和必不可少的过程特别重要。后来的“农业乌托邦”实践，证明诚之先生确是先天下之忧而忧，具有历史的预见性。
对于要不要运用社会科学理论于历史研究，也有许多批评。严耕望先生在《治史三节》里多次说到，他赞同运用各种社会科学方法与理论作为治史工作的辅助工具。但各种社会科学理论在史学的运用也各有局限，不能恃为万应灵丹。他特别反感每一论题大体都先有了一个结论或意念，这个结论或意念是由他们奉为神圣的主义思想推演出来的，然后拿这个结论或意念作为标准，在史书中搜录与此批准相合的史料，来证成其说。中国史书极多，史料丰富，拿一个任何主观的标准去搜集材料，几乎都可以找到若干史料来证成其主观意念，何况有时还将史料加以割裂与曲解。这一批评在今日仍当为我们治史的人时时警惕，而其所指俱有事实根据，毋需例证。前即硬指西周为“奴隶社会”，后则有“四人帮”评法批儒，发展到了极致，参与其中的不少亦是名忝史林的人。
对社会科学理论的误用，除了政治的原因外，也多半有功利之心的污染，久处鲍鱼之肆，平时弄习惯了，不以为非。随手就可举出一例。现行的许多《通史》在每一大王朝末，必大书阶级矛盾尖锐，以作农民起义爆发的背景。到大明王朝，万历皇帝为三皇子婚礼动用户部银二千四百万两，敕令湖广、山东、河南三省拨田四万顷于福王，这两项都是必写的。黄仁宇就揭穿两事俱不实。前者是皇帝故意出难题，要知道这二千四百万的数字，等于整整三年半全国的收入银两的总数，稍用脑就知道怎么可能？当时也果然把户部尚书杨俊民吓死在任所，万历帝总算达到了报复朝臣力阻他想立常洵为太子的目的，出了一口恶气。后者先没有弄清这是给“佃金”（由地方政府所交的官田现金津贴），而不是直接赐给由其自己管理的“庄田”，这数字又是皇帝漫天叫价，明知也达不到；福王实际年收入是二万两，离此“指标”远甚（详参《放宽历史的视界》“明《太宗实录》的年终统计”）。久治中国古代史的不会不知道，我国古来对数字没有概念，成千成万大而化之说的不少。“千百万”，是千万还是百万？说的人嘴无遮拦，无非极其形容。例如崇祯时堵允锡上奏，说“长沙、善化两邑，旧额百万亩，令人藩封者，且七八十万亩”，日本学者清水泰次在1928年就作文考证，证明堵纯属“信口胡说”（《投献考》，转引自黄仁宇前书）。数字不顾史实随己意夸大，也包括了很权威的所谓“封建社会中国农民要交地租七成、八成”说法，到了我接触地方经济史时，才弄明白这是一种“数字游戏”（专题研讨时会说到）。为什么会闹这么多的笑话？就是先入为主，屈从风气，见了这等材料，不假思索就用上，甚至不惜在数字上做手脚。这种“以论代史”，在“文革”前就已经很厉害，不是到了“四人帮”时期才这样。